Городской представительный орган был возрожден в форме городского Собрания депутатов, выборы которого были проведены в марте и декабре 1994 года. Численность депутатов уменьшилась в несколько раз и составила 25 человек, но избрать и такой небольшой по численности орган местной власти оказалось не просто. Выборы 1994 года проводились по избирательным округам на альтернативной основе – во многих избирательных округах на одно депутатское место претендовало до десяти кандидатов. Выборы пришлось проводить в два этапа, по причине низкой явки избирателей.

Газета «Вечерний Новосибирск» 28 марта 1994 г., на следующий день после выборов, информировала своих читателей, об избрании лишь 10 депутатов городского Собрания. Среди победивших на выборах уже в первом туре были: Болтенко Н. Н., Герасименко В. Ф., Грищенко Л. А, Захаров В. П., Звягин А. И., Кривощеков В. Г., Маньков А. А., Петин С. Ю., Толоконский В. А, Чулинин Г. К. Но в 15 округах выборы не состоялись. Поэтому городское Собрание не могло приступить к работе из-за отсутствия кворума.

Второй этап выборов был проведен 4 декабря того же года. Было избрано еще шесть депутатов городского Собрания, и новый орган местного самоуправления начал свою работу. На первой сессии 16 декабря 1994 г. председателем городского Собрания был избран В. А. Толоконский, одновременно исполнявший обязанности мэра города с октября 1993 г. Заместителем председателя стал В. Г. Кривощеков.

В соответствии с новым порядком глава городского самоуправления являлся одновременно и председателем городского Собрания и мэром. Он, как и все депутаты, проходил процедуру избрания по одному из округов. Система органов местного самоуправления была определена Уставом города, впервые принятым городским Советом в октябре 1995 года. Тогда же городское Собрание было переименовано в городской Совет Новосибирска.

Согласно Уставу города в компетенцию городского Совета входит: принятие общеобязательных правил по предметам ведения городского самоуправления, утверждение бюджета города и отчета о его исполнении, принятие планов и программ развития муниципального образования, установление местных налогов и сборов, установление порядка управления и распоряжения муниципальной собственностью, контроль за деятельностью органов местного самоуправления, должностных лиц городского самоуправления.

В декабре 1996 г. избран новый состав депутатов горсовета, председателем которого оставался мэр города В. А. Толоконский, избранный на эту должность в марте 1996 г. Заместителем председателя городского Совета был избран А. А. Пушкин, представлявший самую крупную фракцию – ЛДПР, состоящую из 11 депутатов.

Второй созыв депутатов  городского Совета Новосибирска 1996-2001 гг.

В конце 1999 г. депутаты приняли новую редакцию Устава города, в котором был уточнен ряд норм, связанных с деятельностью горсовета: все представительные, исполнительные и иные функции в городе осуществлял муниципалитет, состоящий из главы городского самоуправления – мэра города, городского Совета и мэрии. 26 марта 2000 г., набрав в первом туре выборов 52% голосов, новым мэром Новосибирска был избран В. Ф. Городецкий, по Уставу города ставший председателем городского Совета.

Вступление в должность В.Ф. Городецкого. 2001 г.

В декабре 2000 г. прошли выборы депутатов третьего созыва. Выборы были признаны состоявшимися в 6 из 25 избирательных округов. Кандидатами в депутаты было зарегистрировано 208 человек. С первого раза были избраны: Алексеев В. В., Болтенко Н. Н., Локоть А. Е., Микерин В. Т., Сулейманов Р. И., Шило Р. А.. В апреле 2001 г. состоялись повторные выборы, по результатам которых и был окончательно сформирован депутатский корпус горсовета.

Были избраны депутаты по всем остальным избирательным округам: Андрейченко А. В., Аникин А. Г., Бабарыкин В. Д., Вязовых В. А., Казак А. А., Карпунин А. В., Кожемякин Э. А., Люлько А. Н., Мельников А. П., Мигулев Ю. А., Пантюхин И. В., Пепеляева Л. В., Правда А. И., Пысин В. В., Соболев А. К., Тарков А. В., Тюкалов Е. П., Черных В. В., Четвериков В. Н. В новый состав городского Совета было избрано 5 депутатов горсовета предыдущего созыва. В апреле 2001 г. городской Совет приступил к работе. Заместителем председателя городского Совета была избрана Н. Н. Болтенко.

В 2003 г. по решению городского Совета сформирована Контрольно-Счетная палата Новосибирска, председателем которой был утвержден Г. И. Шилохвостов. В ноябре 2003 г.  внесены изменения в Устав Новосибирска, связанные с разделением полномочий мэра города и председателя городского Совета. В апреле 2004 г. после переизбрания В. Ф. Городецкого на должность мэра произошло фактическое разделение полномочий. Председателем городского Совета была избрана Н. Н. Болтенко, а заместителем председателя городского Совета Р. И. Сулейманов. Городской Совет получил организационную самостоятельность, статус юридического лица, был сформирован аппарат городского Совета.

В июне 2004 г. в Устав города были внесены поправки, в соответствии с которыми в городском Совете должно быть 40 депутатов. В апреле 2005 г. прошли выборы депутатов четвертого созыва. Председателем городского Совета была вновь  избрана Н.Н. Болтенко, а заместителем председателя стал Д.В. Асанцев.

Председатель городского Совета Н.Н. Болтенко